特点
· 可扩增DNA的高回收率
· 无二甲苯或类似溶剂的石蜡去除
· 尿嘧啶(脱氨基胞嘧啶)——DNA提取过程中使用尿嘧啶-N-糖苷酶(UNG)去除伪影的步骤
· 用于PCR、数字PCR(dPCR)和下一代测序(NGS)的Ready-to-use DNA
产品详情
使用QIAamp DNA FFPE Advanced Kits的无二甲苯、无洗涤脱蜡、双裂解方案和UCP(超清洁生产)旋转柱技术,提高FFPE组织中高质量DNA的回收率。
去除C→U核酸转换与试剂盒的可选UNG摘要,以优化回收的DNA用于NGS分析。
性能
FFPE DNA定量的一个特点是,不同的方法将给出不同的结果,高UV-vis或荧光值并不一定意味着良好的PCR性能。
由于实时PCR或定量PCR(qPCR)是FFPE最常见的下游应用之一,QIAamp DNA FFPE Advanced Kits 针对qPCR进行了优化。
无论在紫外-可见光或荧光测量中获得的值如何,qPCR定量下, QIAamp DNA FFPE Advanced Kits 始终显示出比其他测试产品更好的PCR性能。
QIAamp DNA FFPE Advanced UNG Kit也非常适合于纯化用于NGS分析的DNA,因为它解决了人工C→吨/克→A由于胞嘧啶脱氨作用,通常发生在FFPE材料中的转变。
通过DNA分离期间基于UNG的尿嘧啶消化,QIAamp DNA FFPE Advanced UNG方案减少了NGS中单核苷酸变异(SNV)的假阳性报告。
原理
从FFPE组织制备DNA有三大挑战:
· 由于输入材料有限和DNA受损,产量低
· 福尔马林诱导交联导致的不可扩增DNA
· 去氨基胞嘧啶伪影可导致NGS突变分析的假结果
QIAamp DNA FFPE Advanced Kits 通过两种方式最大限度地提高有限样本输入的DNA产量:
· 通过实施两步裂解程序,即使从难以裂解的样品中也能确保高DNA提取率
· 通过使用脱蜡溶液代替溶剂基石蜡去除,消除了初始裂解前的所有清洗步骤,从而最大限度地降低了丢失稀缺样品材料的风险
去除交联进一步提高了可扩增DNA的回收率。
第二次裂解前的可选UNG处理去除去氨基胞嘧啶伪影,使DNA特别适合于NGS分析。
操作流程
QIAamp DNA FFPE高级程序包括一个简化的脱链步骤、两个介于脱交联和可选人工制品去除之间的裂解步骤以及标准的结合-洗涤-洗脱步骤。
应用
使用QIAamp DNA FFPE Advanced Kits 从FFPE中提取的DNA可立即用于PCR、dPCR或NGS,也可储存在−30至−15°C。
参数
Features | Specifications |
Applications | PCR, digital PCR, next-generation sequencing |
Elution volume | 20–100 µl |
Format | Spin column |
Main sample type | Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue samples |
Processing | Manual or automated with the QIAcube Connect |
Purification of total RNA, miRNA, poly A+ mRNA, DNA or protein | Genomic DNA |
Sample amount | Tissue sections, each with a thickness of 5–10 µm, for a total volume of 4 mm<sup>3</sup> |
Technology | Silica technology |
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