推荐以下用户使用该试剂盒:
当单个样本所需的数据量小于单个测序芯片所能生成的数据总量时,则可以使用条形码标签或 混样文库测序:它允许用户将多个样本混合,并同时进行测序,从而更有效地使用测序芯片。
快速PCR条码试剂盒提供对少量gDNA(1-5 ng)进行的最快速和最简单的条形码文库构建方法,制备时间只需大约15分钟。
试剂盒包含一个转座酶,可同时切割每个样本中的模板分子,并将包含引物结合位点的标签附着到切割末端。该试剂盒包含12对引物,用于进行样本扩增:每个引物含有一个条形码,以及5´标签,用于在无连接酶的情况下促进测序接头(Rapid Sequencing Adapters)的连接。将扩增后和带有条形码标签的样本混合在一起后,将快速测序接头添加到此混合物中。
快速PCR条码试剂盒详情:
特征 | 性质 |
制备时间 | 15分钟+ PCR |
起始样本要求 | 1-5 ng gDNA |
是否需要PCR | 是 |
片段化 | 基于转座酶 |
读长 | ~2 kb |
产生读长类型 | 1D |
典型通量* | ... |
相关实验方案 | 快速PCR条码试剂盒(Rapid PCR Barcoding Kit) 芯片清洗试剂盒(Flow Cell Wash Kit) |
包装规格 | 6个反应 |
稳定性 | 运输温度:2–8°C 长期储存温度:-20°C |
兼容性 | 测序芯片: FLO-MIN106 FLO-MIN107 |
该试剂盒已经过优化,可为起始样本量有限的用户提供简单的工作流程。已有观察显示使用PCR后产生的片段长度很大程度上与输入片段长度无关,在Agilent生物分析仪(Agilent Bioanalyzer)上PCR产物在约2kb处出峰,与纳米孔测序中~2kb的读长相对应。读长长度受限于文库构建的方法,而不受DNA聚合酶持续合成能力的限制。
使用快速低起始样本PCR扩增条码测序试剂盒(Rapid Low Input by PCR Barcoding Kit)建库时观察到的典型读长长度直方图。
利用 Albacore 和 EPI2ME 能够对条形码标记的测序数据进行去卷积(或反卷积, deconvolution)分析,通过对条形码序列进行分类,并将读长分类到其对相应的文件夹中。
进一步考虑:
对于希望更好地控制PCR反应中产生的片段长度的用户,我们推荐使用低起始样本PCR扩增条码试剂盒(Low Input by PCR Barcoding Kit)。
除了用于生成更多的材料(在起始材料有限的情况下),PCR还可用于纯度不高的样本(不纯样本可抑制文库构建效率);PCR选择合适的分子作为为模板进行扩增。原始杂质丢失或稀释。在实验中可以经常看到,加入 PCR 步骤能够对产生较差测序结果的样本进行改善。在起始样本少于1ng的情况下,我们推荐进行全基因组扩增。
Oxford Nanopore technologies视该产品的使用寿命为自客户收到产品之日起的3个月。
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