特点
· 超过130万次检测提供了Ensembl中人、小鼠和大鼠mRNA和lncRNA转录的最广泛和最佳覆盖率
· 使用短的LNA增强引物的异常敏感性和特异性
· 从1个RNA拷贝开始,在宽动态范围内进行精确检测
· 优化以消除非特异性扩增
· 使用QuantiNova SYBR® Green PCR试剂,在2小时内获得稳健且可重复的结果
产品详情
QuantiNova LNA PCR Assays 为基于SYBR® Green的qPCR基因表达分析设定了新标准。从最广泛的预设计分析中选择,以准确、灵敏地检测任何人、小鼠或大鼠mRNA或lncRNA–从一般转录检测到特异转录亚型的分化。LNA增强使我们能够设计更短的引物,从而更灵活地定位在靶上。因此,我们可以优化特定转录检测或靶分化的设计。此外,彻底的设计验证确保了最佳性能和稳健的检测,所有流行的mRNA和LNCRNA的分析都经过湿实验室验证。通过使用QuantiNova RT and SYBR® Green 试剂进行优化,简单的QuantiNova LNA PCR工作流程仅需2小时即可完成,且足够强大,可支持室温设置、自动化和延迟运行分析。
性能
LNA增强qPCR性能
QuantiNova LNA PCR Assays 采用严格的设计标准和实验室验证算法进行开发。严格的分析选择过程确保每个引物集提供最高的特异性和效率,以获得最可靠和准确的结果。Tm归一化和LNA增强使引物比标准DNA引物具有更高的结合亲和力,显著提高了检测灵敏度和特异性。
这种增加的灵敏度确保了低至1个RNA分子的优异扩增效率,使您更容易从较少的起始材料中检测低丰度靶点,如LNCRNA。LNA的巧妙放置增加了特异性,使您获得了高信噪比,允许区分仅相差一个核苷酸的序列,并消除非特异性扩增和引物二聚体形成。
LNA碱基的高结合亲和力增加了引物在转录物上放置的灵活性,因此我们能够使用智能定位来设计用于其他难以分析的目标的分析。这为您提供了更好的目标识别和可靠的量化,即使对于富含AU的目标、低丰度转录物、具有高二级结构的目标和高度复杂的样本。
使用QuantiNova SYBR® Green PCR试剂进行优化
当与QuantiNova SYBR® Green PCR试剂一起使用时,开发QuantiNova LNA PCR Assays 以提供最佳结果和最高再现性。对于一步qRT PCR,这包括QuantiNova SYBR® Green RT-PCR Kit。对于两步qRT PCR,这包括QuantiNova Reverse Transcription Kits 和 QuantiNova SYBR® Green PCR Kits。
QuantiNova热启动机制能够成功地进行qPCR,即使是对于困难的模板,例如具有高GC含量或复杂二级结构的模板,也是lncRNA分析的理想选择。热启动还允许在室温下进行反应设置,并且足够坚固,以支持自动设置和延迟运行分析板。此外,内置的视觉移液颜色指示器有助于防止人为移液错误。
Trust the LNA design experts
二十年的低噪声放大器设计经验使我们能够开发和优化我们复杂的低噪声设计算法,该算法包含50多个不同参数——所有参数均经过实验室验证,符合高度严格的性能标准——以确保成功检测目标的最佳分析。我们为每个转录物选择了多达三种不同的分析设计,并通过全湿实验室验证了所有流行的mRNA和lncRNA靶向分析。QuantiNova LNA PCR Assays简单有效,无需花费时间或金钱进行优化。
快速简便的工作流程
快速简单的2小时工作流程和最少的动手时间节省了时间和人力,适用于自动化。该简单方案已在所有主要品牌的qPCR循环仪上进行了兼容性测试。此外,RT步骤中生成的cDNA可用于整个QuantiNova LNA PCR系统,根据您的研究需要,允许从分析无缝过渡到面板,节省您的时间和样本。
原理
高性能SYBR® Green的检测
QuantiNova LNA PCR Assays 使用基于SYBR®绿色的检测,当与高度特异性的PCR系统、精心设计的引物和优化的反应条件一起使用时,与水解探针检测相比,该检测具有几个优势。首先,可以在PCR后立即进行熔化曲线分析,因此可以确认反应的高度特异性,并排除引物-二聚体或非特异性扩增子的形成。它还提供了更高的分析设计灵活性,因为您只需要两个引物,而不是两个引物和一个探针。此外,虽然引物确保了检测的特异性,但染料的结合特性使得能够分析许多不同的目标,而无需合成目标特异性标记探针,从而降低了检测设置和运行成本。
最全面和最具体的覆盖范围
我们的专有算法已用于设计超过130万个QuantiNova LNA PCR Assays,以提供最灵敏、准确和有效的mRNA和lncRNA分析。预先设计的检测涵盖了Ensembl数据库中人、小鼠和大鼠基因的大多数转录物,从而能够尽可能深入地进行基于PCR的基因表达研究。在可能的情况下,大多数检测都是内含子跨越,只检测RNA。不跨越内含子的分析被指定为这样,如果目标中有一个外显子,则可以使用QuantiNova逆转录试剂盒和集成的gDNA去除步骤轻松消除不需要的信号。
为您的目标选择正确的分析
预先设计的QuantiNova LNA PCR Assays可让您准确、灵敏地检测任何人、小鼠或大鼠mRNA或lncRNA,无论您需要何种水平的分析:一般转录检测、检测或特定转录或转录亚型的分化。
大多数人、小鼠和大鼠基因只有一个转录本,但对于那些有多个转录本的基因,我们使用相同的算法选择了每个转录本最多三个检测。这些分析的设计和引物定位不同,以满足不同的使用要求。我们的化验选择指南可帮助您快速确定每个类别中的最佳化验。在为您的目标搜索分析后,只需查看结果并查找与您的预期用途相匹配的推荐分析:
· 最佳覆盖率:用于一般转录检测
· 最佳转录物分析:用于检测特定转录物
· 最佳转录物特异性分析:用于区分特定转录物亚型
有关详细信息,请参阅下表。
Gene-covering assays | Transcript-specific assays | ||
---|---|---|---|
QIAGEN’s recommended assay | Marked as “Best coverage” | Marked as “Best transcript assay” | Marked as “Best transcript-specific assay” |
Description of assay design and coverage | Covers most of the biologically relevant transcripts of the given gene | Highly optimized to specifically detect the transcript of interest, targeting more isoforms of the transcript | Splice variant transcript-specific |
When to choose | For general transcript screening and determining whether the gene of interest is expressed in a sample; for detection of as many transcripts and isoforms of a gene as possible | For detection of a specific transcript | For differentiation between specific isoforms of a transcript |
补充数据分析
GeneGlobe数据分析中心免费提供的基于web的数据分析工具包括一个用户友好的向导,指导您逐步完成数据的规范化和分析,并生成可发布的结果图。
任何研究的参考基因分析
广泛选择的人、小鼠和大鼠参考基因分析可用于实现高质量数据标准化并确保可靠结果。这些检测针对内源性编码RNA、长非编码RNA和小核仁RNA分子,这些分子通常在多种组织中组成性表达。参考基因检测是FAM标记的,并已作为QuantiNova LNA PCR系统的参考基因进行功能验证,并与QuantiNova RT和PCR试剂一起最佳工作。
mRNA/lncRNA qPCR结果的标准化
归一化消除了与研究中的生物变化无关的技术和生物样本间差异。正确的归一化对于实时PCR实验结果的正确分析和解释至关重要。最常见的是,稳定表达的参考基因用于标准化。
通常建议在建立实际的mRNA/lncRNA表达分析之前测试几种内源性对照参考基因候选。这些候选基因应选自预期在整个研究样本范围内稳定表达的基因。它们可以是基于文献或预先存在的数据(例如NGS或qPCR面板筛选)选择的稳定表达的mRNA或LNCRNA。QuantiNova LNA PCR系统为趋于稳定表达的RNA提供了经验证的参考基因分析,因此是参考基因的良好候选。
对于每项研究,所有参考基因候选都应经过经验验证。在分析大量mRNA/LncRNA时,标准化PCR面板的一个选项是对照全局平均值(所有表达的mRNA/LnCRNA的平均值)进行标准化。这在高呼叫率(表达基因)的样本中可能是一个很好的选择,但在低呼叫率的样本中应谨慎使用。在一般基因表达水平改变的样品中,这也不是一个好的选择。在GeneGlobe数据分析中心也可以找到关于规范化的进一步指导。
操作流程
选择一步或两步qRT PCR
QuantiNova LNA PCR Assays已使用经过时间检验的高性能QuantiNova化学进行了优化。当使用QuantiNova Reverse Transcription Kit进行逆转录时,可获得最佳结果。然后,使用QuantiNova SYBR® Green PCR Kit的主混合物,结合您选择的QuantiNova LNA PCR Assay,通过qPCR对所得cDNA进行定量。
对于一步qRT PCR,我们建议使用QuantiNova SYBR® Green RT-PCR Kit,无需进一步优化反应条件。只需将引物、RNA模板和RT混合物添加到即用SYBR® Green RT-PCR主混合物中,即可开始反应。
运输和交付
QuantiNova LNA PCR Assays在环境温度下装运。库存分析在1-5天内完成。在进入初期,预计交付时间会更长。
您需要开始使用QuantiNova LNA PCR系统
逆转录:QuantiNova Reverse Transcription Kit
qPCR mastermix:QuantiNova SYBR® Green PCR Kit
一步qRT PCR(可选):QuantiNova SYBR® Green RT-PCR Kit
Assays or panels:
应用
QuantiNova LNA PCR Assays非常适合以下应用:
· mRNA和lncRNA表达分析、分析和定量
· RNA-seq基因表达数据的验证
· 基因表达图谱
· 信号和通路分析
· 通过LNA、GapmeRs或siRNA确认基因表达敲除
· 生物标志物开发,包括疾病相关生物标志物的筛选、鉴定和验证
· 监测与基因表达相关的表型变化
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