特点

•     · 使用小样本量即可获得大量纯化产物
•     · 在纯化同时，保持DNA和RNA的完整性
•     · 高效分离RNA和DNA
•     · 对同一FFPE样本进行全面的DNA和RNA分析

产品详情

如要对基因组学和转录组学数据进行可靠比较，则需从同一样本中纯化DNA和RNA。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用先进的溶解方法，从福尔马林固定、石蜡包埋的组织样本中纯化DNA和RNA。纯化产物适用于real-time PCR和焦磷酸测序等应用。

性能

使用AllPrep DNA/RNA FFPE Kit纯化的DNA和RNA的质量与使用QIAamp FFPE Tissue Kit和RNeasy FFPE Kit/miRNeasy FFPE Kit纯化的产物的质量相当（参见" Purification of DNA and RNA from FFPE samples"）。因此，纯化产物可用于焦磷酸测序、real-time PCR和RT-PCR等下游应用（参见" Reliable amplification of DNA and RNA from FFPE samples"和" Array analysis following preamplification of cDNA targets"）。

原理

AllPrep DNA/RNA FFPE Kit专为从FFPE样本中同时纯化基因组DNA和总RNA而设计。该试剂盒可使用同一样本纯化DNA和RNA，而非像其他纯化方法那样，需将样本分为两份再分别进行纯化操作。如将样本分为两份分别纯化DNA和RNA，其纯化出的DNA和RNA来自不同的细胞群落，可能具有不同性质特征。从同一样本中同时纯化DNA和RNA可减少浪费，因为FFPE样本是十分珍贵的样本，通常很难恢复且样本量少。

由于固定和包埋，FFPE样本中的核酸通常都严重片段化，核酸的分子量通常小于从新鲜或冷冻样本中分离出的核酸的分子量。从同一FFPE样本中分离DNA和RNA面临着很大困难：片段化的DNA长度短，且部分是单链结构；因此其更像RNA，而非完整的DNA。片段化DNA这一特性使得用物理方法分离DNA和RNA十分困难。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用先进的溶解方法，从同一个FFPE样本中分别释放DNA和RNA。

尽管标准的质量控制分析（如凝胶电泳或芯片分析方法）无法检测到甲醛的化学修饰，但其对酶分析有严重干扰。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已经过优化，可最大程度上逆转甲醛化学修饰，而不引起DNA和RNA的进一步降解。

步骤

简单的流程可从同一个样本中纯化高品质DNA和RNA（参见" AllPrep DNA/RNA FFPE procedure"）。AllPrep DNA/RNA FFPE Kit使用先进的溶解方法，从同一个FFPE样本中分别释放DNA和RNA。使用这种方法时，FFPE样本要在优化的裂解缓冲液中孵育，使得RNA释放出来，而DNA形成沉淀。离心后，将含有RNA的上清和含有DNA的沉淀分别处理，纯化RNA和DNA。再次进行孵育有一定的解交联作用，然后使用RNeasy MinElute或QIAamp MinElute离心柱纯化RNA和DNA。用柱上DNA酶处理纯化的RNA，以有效去除DNA污染。根据RNA与离心柱的结合情况，纯化的RNA中可能含有也可能不含miRNA等小RNAs。对于纯化后的DNA，可选择性进行柱上RNA酶消化，因为在离心前的DNA和RNA分离步骤中RNA污染水平已达到最低。

应用

尽管AllPrep DNA/RNA FFPE Kit已经过优化，可最大程度上逆转福尔马林化学修饰，而不引起DNA和RNA的进一步降解；但从FFPE样本中纯化获得的核酸不应该用于需要大分子量DNA或完整长度RNA的下游应用。一些应用可能需要进行化学修饰后，再使用片段化核酸（如：设计PCR和RT-PCR的小扩增子）。在cDNA合成中，应使用基因特异性引物，而非oligo-dT引物。如果无法使用基因特异性引物，则可使用任意引物。

参数