QIAamp DNA Microbiome Kit适用于从拭子和体液中纯化和富集细菌微生物组DNA。在纯化过程中,该试剂盒能高效去除宿主DNA,最大程度全面覆盖细菌DNA位点,适用于进行基于16S rDNA的高灵敏度微生物组分析及宏基因组鸟枪法测序研究。
在宏基因组鸟枪法测序实验中,宿主基因组Reads比例较高,使得即便拥有精密的生物信息学工具,建立微生物数据库,也十分耗时费力。通过去除样品中的宿主DNA,QIAamp DNA Microbiome Kit能够为宏基因组鸟枪法测序研究提供富集的细菌DNA。我们选用QIAamp DNA Microbiome Kit或其他两个供应商的同类试剂盒,以人类口腔拭子制备样品,再将分离得到的DNA进行宏基因组鸟枪法测序实验,之后对Reads进行比较。使用QIAamp DNA Microbiome Kit制备的样品测序结果仅含有少于5%的人源reads,显著低于未包含宿主DNA去除步骤的另一试剂盒(人源Reads超过90%),同时也低于包含该去除步骤的另一试剂盒(35%的人源Reads)。在第二项实验当中,我们向样品中掺入了已知的细菌培养物。相比另一无宿主DNA去除步骤的解决方案,该试剂盒处理的样品中所含的细菌DNA得到了更高精度的还原。
实现16S rDNA测序应用的更高效扩增
16S rDNA测序法通常被用来确定微生物群落的相对组成。相比其他3种纯化试剂盒,QIAamp DNA Microbiome Kit能够以最高的效率扩增来源于口腔拭子的纯化DNA的V4区域。针对两个样品使用QIAamp DNA Microbiome Kit进行DNA纯化而得到的V4区域扩增片段的测序结果,也揭示了预期的人类口腔微生物组的代表性细菌组成。
优化的细胞裂解步骤,最大限度降低样品制备的人为偏差QIAamp DNA Microbiome Kit是进行微生物组分析的专用样品制备解决方案,这是因为它能在有效清除宿主DNA的同时,最大限度控制混合样品中细菌群落的组分检测偏差。其结果就是能够获得具有更高覆盖度的细菌DNA富集产物。这一优点得益于该试剂盒的诸多特征。首先,QIAamp DNA Microbiome Kit使用了Ultra Clean Production(UCP)纯化柱,后者采用了专利的净化流程,可降低样品污染的风险。其次,QIAamp DNA Microbiome Kit的实验方案专为在细菌细胞裂解之前进行宿主DNA的酶促清除操作而设计。第三,QIAamp DNA Microbiome Kit使用了优化的物理和化学联合裂解法,能够降低由于细菌细胞壁对裂解步骤的不同易感性所导致的偏差。
QIAamp DNA Microbiome Kit使用了成熟的QIAamp离心柱纯化技术,并拥有专为均匀富集样品中的细菌微生物组DNA而设计的改良实验方案。首先,宿主细胞被温和地裂解,而细菌细胞则不会受到影响。这一步骤所释放出的宿主DNA随后被酶促降解。之后,则通过一种优化的物理和化学联合裂解法实施细菌细胞裂解,而我们精心设计的缓冲液化学成分则可提升所释放DNA与硅胶膜的结合能力。最后,在洗去不需要的成分之后,从柱体上洗脱下细菌微生物组DNA。
QIAamp DNA Microbiome Kit能够从混合样品中纯化和富集细菌微生物组DNA,适用于以下敏感的下游应用:
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